دوره دکترای مهندسی صنایع مجموعهای هماهنگ از فعالیتهای پژوهشی و آموزشی است که موجب احاطه و دستیابی دانشجو به آثار علمی در زمینه مهندسی صنایع و توانایی در تهیه متون تحقیقاتی ، نوآوری ، کمک به پیشرفت و گسترش مرزهای دانش در این رشته خواهد شد . دوره دکترا نیز شامل سه گرایش زیر است :
مهندسی صنایع
سیستمهای اقتصادی - اجتماعی
مدیریت سیستم و بهرهوری