چنانچه در مقاله های پیشین گفته شد، کشاورزی ارگانیک نوعی مدیریت تولید محصول است، که بدون عوامل شیمیایی و با رعایت حفظ سلامت محیط، بخاطر استفاده از نهاده های داخل مزرعه و به صورت طبیعی باعث تقویت و توسعه سلامت اکوسیستم های زیستی و خاک می شود.
البته کشاورزی ارگانیک صرفا جایگزین نمودن نهاده های آلی به جای عوامل شیمیایی نیست، زیرا استفاده غیر صحیح و غیر متعارف مواد آلی نیز باعث اختلال در سیستم چرخه های زیستی می گردد. بطور کلی، اساس کشاورزی بیولوژیک یا ارگانیک بر زنده بودن سیستم خاک و در حالت کلی مزرعه استوار است که با تقویت خاک باعث قوت میکروارگانیسم های مفید نیز می شود.
خاک یکی از اجزای مهم تشکیل دهنده بسترهای کشاورزی می باشد که به عنوان زیربنای مهم رشد گیاهان محسوب می شود و تغییرات فیزیکی و شیمیایی به وجود آمده در خاک که با دخالت انسان باعث بروز اختلال در سیستم خاک و آب گردیده است و بدون در نظر گرفتن عواقب منفی و خطرناک فقط سعی در کسب درآمد و برآورده نمودن نیازهای غذایی جامعه بوده است.
در روش كشاورزی ارگانيك به خاك اهميت به سزايی داده می شود. استفاده از روشهایی چون کودهای بیولوژیک، کمترین شخم، تناوب در کشت، تقویت و بهبود جانواران مفید خاک و تخمیر مواد آلی و افزایش مواد مغذی خاک، باعث بهبود بافت خاک گردیده و استفاده از کمپوست ها و کودهای آلی و حیوانی باعث باروری بیشتر خاک می گردد و به همین سبب فرسایش خاک به میزان قابل توجهی کاهش می یابد. جدا از بخش مواد معدنی، خاك حاوی مواد ارگانيک و هوموس است كه در نتيجه تجزيه بيوماس بوجود می آيد. در اغلب خاك های كشاورزی در مناطق گرم اين ماده فقط درصد كمی را شامل می شود و دركل 1% كل مواد جامد خاك را تشكيل می دهد كه اين امر برای باروری خاك بسيار مهم است.