پپسين:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه آمينو اسيد آمينه هاي آروماتيك يا لوسين
كيموتريپسين:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه كربوكسيل اسيد آمينه هاي آروماتيك
تريپسين:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه كربوكسيل اسيد آمينه هاي بازي(Lys-Arg)
الاستاز:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه كربوكسيل اسيد آمينه هاي با زنجيره جانبي كوتاه و غيرقطبي از قبيل Ala-Gly-Ser
كربوكسي پپتيدازA:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه كربوكسيل اسيد آمينه هاي آروماتيك
كربوكسي پپتيدازB:شكستن پيوندهاي پپتيدي از سمت گروه كربوكسيل اسيد آمينه هاي بازي(Lys-Arg)
سيانوژن بروميد:متيونين را از سمت COOH مي شكند
منبع:دنیای شیرین بیوشیمی
O-يدوبنزن:Trp-X
هيدروكسيلامين:Asn-Gly
ترومبين:Arg-Gly
هيدروليز خفيف اسيدي: Asp-Pro
پروتئاز V8 استافيلوكوك طلايي:Glu-X (بويژه اگر X هيدروفوبي باشد)(Glu-Lys در برابر شكستن مقاومت مي كند)[/font][/size]