زمانی كه ژل های آكریلامید برای تجزیه پروتئین ها استاندارد شدند آنها كمتر برای اسیدهای نوكلئیك با وزن مولكولی بالا مناسب بوده اند به این منظور برای جداسازی مناسب این مولكولهای بزرگ تجمع آكریلامید نیاز به كاهش تا سطحی كه مایع باقی بماند دارد.
ژله ا می توانند تشكیل بشوند با وجود اینكه آگارز اضافه شود (آگارز یك پلی ساكارید طبیعی است) برای كاهش تجمع آكریلامید. با اضافه كردن آگارز تجمع آكریلامید 5% می شود و می توان برای ملكولهای با وزن ملكولی بالاتر از 10 دالتون جداسازی كرد. این روش مخصوصا برای جداسازی ترتیب طولانی از DNA مفید است. امروزه ژل های آگارز- آكریلامید به طور گسترده در آزمایشگاههای ژنتیك برای تعیین نقشه ژن ها استفاده می شود این فصل بروی جداسازی پروتئین ها متمركز است