جزوه بیوشیمی کروماتین دانشگاه پیام نور

جزوه بیوشیمی کروماتین دانشگاه پیام نور که توسط دکتر بهزاد لامع راد، دکتر عباس گل بداق و دکتر شهریار سعیدیان تهیه شده است را به صورت PDF در 330 صفحه از لینک زیر می توانید دانلود کنید.

كروماتين مجموعه اي از پروتئين ها و DNA است كه كروموزوم ها را در داخل هسته سلول هاي يوكاريوتي مي سازند. DNA داخل هسته به صورت رشته هاي خطي نيستند بلكه به شكل فشرده در اطراف پروتئين هاي خاصي مي پيچند و بدين ترتيب داخل هسته جاي مي گيرند.

فهرست مطالب جزوه بیوشیمی کروماتین :

فصل 1: مروري بر تفاوت هاي سلول هاي پروكاريوت و يوكاريوت

• مقدمه
• تفاوت بين سلول هاي پروكاريوت و يوكاريوت
• منابع

فصل 2: ساختار DNA

• كروماتين
• ساختار DNA
• تمرین
• منابع

فصل 3: نسخه برداري در پروكاريوت ها و چگونگي تنظيم نسخه برداري

• مقدمه
• اصول مركزي
• مراحل كنترل نسخه برداري
• نسخه برداري در پروكاريوت ها
• پروموترهاي باكتري E.coli
• اپرون ها
• نقش فاكتور σ در تشخيص پروموترها
• پروتئين هاي پيوندي به DNA متكي به ليگاند
• تنظيم متكي به ليگاند در اپرون lac
• اندركنش هاي پروتئين با DNA
• تشخیص DNA توسط پروتئين هاي helix- turn- helix
• پروتئين هاي پيوندي به DNA از دمين هاي عملكردي مختلف ساخته شده اند
• اتصال پروتئين به DNA مي تواند تغييرات ساختاري در پروتئين و DNA به وجود آورد
• ساير موتيف هايي كه قابليت اتصال به DNA را دارند
• طبيعت اتصال DNA به پروتئين
• تمرین
• منابع

فصل 4: نسخه برداري در يوكاريوت ها

• مقدمه
• پيدايش سلول هاي يوكاريوت
• ساده ترين يوكاريوت ها
• موجودات پرسلولي
• هر چه ژنوم ها بزرگتر شوند، چگالي ژنها كاهش مي يابد
• ژنهاي يوكاريوت هاي عالي و DNA غير كد شونده
• اسپلي سوزوم و نقش آن در نسخه برداري
• ماشين نسخه برداري در يوكاريوت ها
• يك نونه ژن يوكاريوتي
• فاكتورهاي كلي نسخه برداري، TAF ها و كمپلكس پيش شروع PolII
• TAF ها به توالي هاي روي DNA خارج از TATA BOX متصل مي شوند و ويژگي پروموتري فراهم مي كنند
• اتصال TAF ها به پروتئين هاي فعال كننده موجب تسهيل در اتصال پروموتر مي شود
• TAF ها موجب مونتاژ فاكتورهاي نسخه برداري مي شوند و كمپلكس PIC را كامل مي كنند
• نسخه برداري توسط PolI و PolIII
• مرحله طويل شدن نسخه برداري
• ملاحظات تجربي
• مشكلات ژنوم بزرگ: چرا آنها تا اين اندازه پيچيده شده اند؟
• تمرین
• منابع

فصل 5: نوكلئوزوم: واحد ساختاري كروماتين ها

• مقدمه
• كشف چگونگي بسته بندي DNA در هسته سلول
• ساختار زير واحدهاي كروماتين
• ساختار نوكلئوزوم
• ساختار ذره هسته با وضوح بالا
• اندركنش هاي هيستون – هيستون در نوكلئوزوم
• DNA نوكلوزومي
• اندركنش هاي هيستون DNA
• مونتاژ و از هم باز شدن نوكلئوزوم
• تمرين
• منابع

فصل 6: تغييرات ژنتيكي در هيستون ها

• مقدمه
• دنباله هاي هيستوني
• تغييرات هيستون ها
• تفاوت بين هيستون ها
• تمرین
• منابع

فصل 7: سازماندهي ساختار كروماتين با درجه نظم بالاتر

• مقدمه
• رشته هاي 30 نانومتري
• لوپ هاي DNA
• ماتريكس هسته اي و داربست هاي كروموزومي
• نواحي مربوط به داربست با ماتريكس
• دمين هاي عملكردي و نوارهاي كروموزومي
• لوپ ها، SAR/MAR و نوارهاي كروموزومي
• اهميت عملكرد نورهاي كروموزومي
• تركيب كروماتين در نوارهاي كروموزومي
• توارها در كروموزوم انترفازي
• دمين هاي هسته اي و ساختار هسته در انترفاز
• تمرین
• منابع

فصل 8: نسخه برداري در حضور كروماتين

• مقدمه
• ژن ها حتي وقتي نسخه برداري مي شوند، درون نوكلئوزوم ها بسته بندي شده اند
• ساختار كروماتين هنگام نسخه برداري از ژن
• آزمايش هاي ژنتيكي در مخمر اهميت هيستون ها را در تنظيم بيان ژن نشان مي دهند
• تغيير در ساختار كروماتين قبل از فعال شدن ژن
• افزايش استيلاسيون هيستون ها قبل يا همراه با شروع نسخه برداري
• جايگاه هايي با حساسيت بالا به DNAseI
• اهميت عملكرد DHS
• موقعيت نوكلئوزوم ها در شرايط داخل سلولي و خارج سلولي
• تعيين موقعيت نوكلئوزوم با كمك توالي DNA
• حفظ تحرك نوكلئوزوم هاي مستقر در DNA
• استقرار قطعي نوكلئوزوم ها در شرايط داخل سلولي
• ژن PHO5
• دمين هاي كروماتين
• تمرین
• منابع

فصل 9: ارتباط دستگاه نسخه برداري با كروماتين

• مقدمه
• بررسي اتصال فاكتورهاي نسخه برداري در شرايط خارج سلولي
• گزارش هايي در مورد انرژي پيوندي
• نوكلئوزوم B ويروس تومور پستان موش نمونه اي از نوكلئوزوم فشرده
• چگونگي توزيع عنامل سركوبگر كروماتين
• نوكلئوزوم ها به ندرت باعث افزايش نسخه برداري مي شوند
• فرصت هاي موجود زنده براي همانندسازي DNA
• كروماتين و مرحله طويل شدن نسخه برداري
• تمرین
• منابع

فصل 10: ماشين بازسازي كروماتين

• مقدمه
• آنزيم هايي كه در بازسازي نوكلئوزوم ها دخالت دارند
• خانواده SWI/SNF
• كمپلكس هاي SWI/SNF پستانداران
• خانواده ISWI
• خانواده Mi‐2
• استيل ترانسفرازهاي هيستوني (HATs)
• استيل ترانسفرازهاي سيتوپلاسمي
• HAT های هسته اي و كواكتيواتورهاي نسخه برداري
• داستيلازهاي هيستوني
• گيرنده هاي هسته اي
• كروماتين و سرطان
• گيرنده رتينوئيك اسيد و لوكمياپروميلوسينيك
• پروتئين هاي AML1 و ETP
• كمپلكس GCN5- ADA2- ADA3
• نقش SAGA در سنتز آنزيم گالاكتوكيناز
• تمرین
• منابع

فصل 11: هتروكروماتين

• مقدمه
• هتروكروماتين α و β در دروزوفيلا
• هتروكروماتين اختياري و اجباري
• هتروكروماتين DNA
• ژن هاي هتروكروماتين
• پروتئين هاي هتروكروماتين
• هيستون ها در هتروكروماتين
• پروتئين هاي غير هيستوني در هتروكروماتين
• پروتئين هاي واكنش دهنده با HP1
• ايجاد تنوع توسط جايگاه اثر
• ساختار كروماتين و PEV
• مشاهدات اخير در خصوص مكانيسم PEV
• پروتئين هايي كه روي PEV اثر مي گذارند: (var)E, (var)Su
• چگونگي انتشار هتروكروماتين
• تشكيل هتروكروماتين و موقعيت داخل هسته اي
• بيان ژن در هتروكروماتين پستانداران
• فعاليت كاتاليزوري Su(var) پستاداران
• تلومرها
• تمرین
• منابع